1、沸水消毒：根据暖奶器内刻度线加入约120-150ml的水倒入暖奶器内，在对暖奶器进行消毒之前，必须用温水将奶嘴冲洗干净。用开水给暖奶器消毒，一般水开后浸泡两三分钟。
2、蒸汽消毒：这是目前最有效最好的方法之一。在95-97的温度下蒸12-15分钟，可以有效杀灭大部分致病菌，且不会破坏暖奶器的材质。市面上有很多暖奶器和消毒器，都是基于蒸汽消毒的原理。可以同时将暖奶器放入奶瓶中进行消毒。
简易型暖奶器，这类暖奶器结构简单，便于携带，没有设置调温旋钮，功率约为10瓦，耗电非常少，适用于保温，凉奶加热到15度，需半小时以上，如需加热到30度左右，需提前数小时放上去。且保温、加热的牛奶不宜超过60ml。
普及型暖奶器，这类暖奶器结构比较简单，配有调温旋钮，温度控制范围通常为40-100度，当电热功率大于80瓦时，适用对牛奶的保温、加热，由于其增加了调温旋钮，亦可加入水来做导热体，所以热奶速度较快，此种暖奶器的电热体分为暗藏式和敞开式，后者便于清洁水垢。采用分体式设计的暖奶器，可以旋去上面的盛水筒，单独用作电热盘，直接加热用金属容器盛放的食物，亦可加热玻璃壶内的水，用于宝宝调奶时使用。