反间谍工作的主管机关是国家安全机关。中国的国家安全部是中国政府唯一对外公开承认的情报机关，也是中国情报及治安系统中，政府参与层面最广的一个单位。国家安全部是在1983年7月，由原中央调查部、公安部两个主要单位，以及统战部、国防科工委等部份单位合并而成，是一个针对他国之国家资源做全面性谍报工作的情报组织。
法律依据：《中华人民共和国反间谍法》
第一条：为了防范、制止和惩治间谍行为，维护国家安全，根据宪法，制定本法。
第二条：反间谍工作坚持中央统一领导，坚持公开工作与秘密工作相结合、专门工作与群众路线相结合、积极防御、依法惩治的原则。
第三条：国家安全机关是反间谍工作的主管机关。公安、保密行政管理等其他有关部门和军队有关部门按照职责分工，密切配合，加强协调，依法做好有关工作。